1991年，时任齐齐哈尔第一机床厂教育处处长曹勇安创办了黑龙江东亚大学。1993年黑龙江东亚大学合并工厂职工大学后，于1993年12月25日与工厂签订了分离合同，走上了一条“自主办学，自担费用、自我完善、自我发展”的民办教育发展之路，开启了全国“公转民”办学体制改革的先河。2001年，学校获批黑龙江省首批高职院校，校名为齐齐哈尔职业学院。2011年，经教育部批准升格为普通本科高校，更名为齐齐哈尔工程学院。2019年，顺利通过国家本科教学工作合格评估。2024年，获批硕士学位授予立项建设单位。2025年，在本科教育教学审核评估工作中，学校获得教育部专家组高度认可。

砥砺办学三十余载，学校先后荣膺中国民办高等教育优秀院校、黄炎培优秀学校奖等多项殊荣。创校校长曹勇安教授，2024年受聘为厦门大学博士研究生导师，并先后获评全国五一劳动奖章、新时代中国杰出教育家、国家教育行政学院“优秀授课专家”等，以初心铸魂育人，以实干笃行致远。